У нас пересборка ядра входит в любые тарифы (это не реклама, а реальность).

Да, конечно у нас не 100 машин, но по опыту системной администрации через лично мои руки прошла не одна сотня линуксов. Если говорить про панельные варианты то видел я только 3 стабильные версии OS (работал я только с cPanel, Plesk я не знаю и посему у меня нет какого-либо мнения на сей счет): RedHat Enterprise, CentOS, FreeBSD.

Федора заточена больше как рабочая станция нежели чем сервер, кроме того версии слишком быстро умирают, поэтому это не то что я порекомендую.

Сюзе...там свои глюки, периодически Segmentation fault ни с того, ни с сего, причем независимо от того что за железо стоит.

Дебиан....если брать сервера то не факт что с драйверами все будет ОК. Если изначально повезет его настроить как нужно, может и будет работать как надо, но после 4 попыток заставить его работать стабильно с cPanel мы отказались от этого варианта - слишком нестабильно.

Касаемо httpd - глюки могут быть под _любой_ ОС если апач не настроить как следует, а настройки зависят от операционки и как kernel/threads работают именно на конкретной машине. Как я сказал - на данный момент у нас много серверов бегает под ЦентОС и после правильной начальной настройки глюков нет. Но...меньше сотни пока. Возможно через пару месяцев перевалим и за сотню.

cPanel собирается делать поддержку под Gentoo, вот это будет весьма и весьма интересно - у наших клиентов кто не использует панели бегает примерно 70 серверов которые мы админим, и за всю историю Линукса это пожалуй наиболее интересный дистрибутив (для тех кого счетчики трафика в принципе не волнуют) - работает как часы, легко обновлять/патчить, и просто огромный лист программ которые автоматически скачиваются. Чем-то отдаленно похоже на БСД методику скачки/компиляции портов, кстати. В любом случае, это будет очень интересно (мое субъективное мнение, не бейте меня сильно за это)