Всех дыр в ядре не запатчить, найдутся новые. Да и особо не к чему это, ведь взломы как правило преследуют целью не получение рута а более банальные вещи, для которых прав nobody вполне достаточно
На счет стабильности - у меня опты с разными ОС и разными панелями, идеальной я не могу назвать никакую
Федору кстати можно апдейтить до нового релиза без особых проблем.
На счет httpd - на freebsd работает и не падает как плесковый апач, так и собраный из портов
Ручная сборка нужна для нестандартных вещей - например сборки httpd со статическими php4 и php5, иначе они как модули вместе не живут.
Gentoo неплохой дистрибутив. Однако FreeBSD идеологически верно обновлять не только портами но и пэкаджами
